元正天皇の養老九年（723）行基菩薩が、本尊薬師如来（重文）を刻み、開基、影山密院釈本寺と名づけた。

　その後、嵯峨天皇の弘仁年間（810〜23）に弘法大師が巡錫せられ、五穀豊作のために門伽井権現と龍王を勧請し、当山の寺号を、医王山鏡池院清滝寺と改め、弘法大師の高弟高岳上人にゆかりのある寺として有名であります。貞観三年平城天皇の第三皇子高岳法親王が、大師の夢告げによって、来錫され、息災増益の密檀を造り、入唐されたと伝えられています。

　当山は境内には「入らずの山」といって、人の近づかない一角がありますが、これが、高岳法親王の逆修塔のある場所であります。とまれ、藩政期は寺領百石、七堂伽藍の完備した巨刹であり、現在は、厄除け祈願の名刹であります。