当山は、人皇第三十代敏達天皇の六年（577）百済国の皇子が、仏工、寺匠を天皇に献上したが、其の後用明天皇の御代に、大阪の四天王寺が落成したので、一同いとまを賜って、帰国の途中、暴風雨におそわれて、秋山の郷に寄港した。そうして、海上の安全を祈って刻んだのが薬師如来で、本尾山の頂きに安置されました。其の後年を経て、弘法大師がこの地へ巡錫され、薬師如来を本尊として寺を開創されました。その時、大師が中国から持ち帰られた五穀の種をまかれた。種間寺の寺名は、それにちなんでつけられたといわれています。

　天歴年間、ときの村上天皇は、藤原信家を勅使として「種間」の勅額を下賜されました。藩主山内氏のころ、寺は保護され、田畑山林などが与えられて、堂字修築されたということであります。